手動でシェルを実行したときは問題がなかったのに、JP1から実行するとエラーになる。
そんな経験がある人も多いかと思います。
原因はulimitの設定値によることもあるので確認ください。
/etc/limits.confはsshログイン時のみ有効であるため実行ユーザがなんであれ
JP1そのプロセスを起動した(基本はrootであるかと思います)ユーザのulimitの値に引っ張られます。
回避するためにはジョブ実行パラメータを設定する、シェルの内部でユーザをスイッチするなどがあります。
おそらく他のジョブソフトウェア(例えばsystemwalker等)でも発生する可能性があるので
シェルではうまくいったのに、ジョブだとエラーになる、そんなときはuimitを疑ってみてください。