同様に、NISAでは繰越控除(翌年以降に損失を繰り越し、翌年以降の利益から損失を控除することができる制度)も適用されない。
NISA口座1つだけで運用している場合は売却のタイミングで値下がりしていなければ損失にならないが、一般口座や特定口座でも投資している方は、NISAで損失を出してしまうと非課税である事自体がデメリットになる場合がある。