JP1_AJSを運用し続けるとジョブの増加や日々の運用によって、DBの肥大化が発生したり、無効領域が増えることがある。そこで定期的なdbのメンテナンスコマンドが必要になる。dbメンテナンスコマンドによって、無効領域が減り、dbの空き容量に効果がある。また、dbメンテナンスだけでは、対応しきれない場合、DBの再編成が必要になる。DB再編成の際は、実行中のジョブを終了させ、ジョブスケジューラーサービスの停止が必要になる。