確定申告は、事業によって所得が発生していて税額があれば必ずする必要があります。逆に言うと、個人事業者であってもほとんど収入がなく、納めるべき税金がない場合には確定申告をしなくてもペナルティーを受けることはありません。とはいえ、所得が低くても、少なくとも事業をしているのであれば確定申告をするメリットはあります。たとえば、青色申告の特別控除を受け続けるためには確定申告をすることが条件となります。また、赤字が発生している場合には、その分を翌年に繰り越しできます。
一方で、税額があるのに確定申告をしないと、延滞税や無申告加算税、重加算税などのペナルティーを受けることになります。下手すると脱税と見られて刑事罰を受けるリスクさえあります。こうしたことから、基本的には個人事業者は確定申告をした方が良いと判断できます。