WSUSで管理されている端末なのに、更新プログラムの確認をWSUSではなく、
Windows Updateを参照する挙動が発生した場合はデュアルスキャン機能が有効になっている可能性があります。
その際は以下GPOの設定・レジストリの値を変更し、
デュアルスキャン機能を無効化するとWSUSのみ参照するような挙動になります。
【グループポリシー】
[コンピューターの構成] ⇒ [管理用テンプレート] ⇒ [Windows コンポーネント] ⇒ [Windows Update]
⇒ [Windows Update に対するスキャンを発生させる更新遅延ポリシーを許可しない]
【レジストリ】
キー : HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Policies\Microsoft\Windows\WindowsUpdate
値の名前 : DisableDualScan
値の種類 : REG_DWORD
値 : 1