NISAに種類、金融機関は年単位で変更が可能である。ただし、運用中の商品を別の金融機関で作る新しいNISA口座へ以降できない。また、期間も決まっているので注意が必要だ。
ただし、2024年から新NISAが始まる。一般NISAは「成長投資枠」、つみたてNISAは「つみたて投資枠」と名称を変え、併用できるようになる。この点はデメリットは少なくなるだろう。